En 1959 Don Wigberto Jiménez Moreno fundó el Departamento de Investigaciones Históricas, mismo que se convertiría en Dirección veinte años más tarde. El anexo al Castillo de Chapultepec fue la sede de la DEH hasta el año 2000, cuando se mudó a sus oficinas actuales de Tlalpan. El Mtro. Manuel Arellano, la Dra. Betriz Braniff, la Dra. María Antonieta Cervantes, la Mtra. Josefina González, la Mtra. Isabel González, la Mtra. María Teresa Huerta, la Mtra. Celia Maldonado, la Dra. Eugenia Meyer, la Mtra. Alicia Olivera y la Mtra. María de la Luz Parcero fueron los investigadores fundadores, quienes se dedicaron en aquellos años principalmente al estudio de la historia prehispánica.
